سايكلوسپورين درجلوگيري از رد پيوند كليه، كبد، قلب يا ساير اعضاي بدن همراه كورتيكوستروئيدها مصرف مي شود. اين دارو همچنين براي درمان رد پيوند مزمن(در بيماراني كه قبلاً تحت درمان با كاهنده سيستم ايمني بوده اند)، درمان آرتريت روماتوئيد حاد، درماتيت آتوپيك و پسوريازيس شديد(در صورت عدم پاسخ مناسب يا عدم تحمل نسبت به داروهاي سيستميك قبلي) و درمان سندرم نفروتيك به كار مي رود.