آمفوتریسین بی برای درمان برخی عفونت‌های قارچی جدی به کار می‌رود، از جمله:

• عفونت‌های قارچی منتشر: عفونت‌هایی که از یک ناحیه فراتر رفته و به خون یا اندام‌های داخلی گسترش یافته‌اند.

• مننژیت کریپتوکوکی: عفونت قارچی پرده‌های اطراف مغز و نخاع، به‌خصوص در افراد دارای ضعف سیستم ایمنی.

• عفونت‌های قارچی ناشی از کاندیدا: در موارد شدید یا تهاجمی.

• آسپرژیلوزیس و موکورمایکوزیس: در برخی شرایط، بسته به نوع عفونت و وضعیت بیمار.

• هیستوپلاسموز و بلاستومایکوز: در موارد شدید یا خاص.

این دارو برای درمان عفونت‌های ویروسی یا باکتریایی کاربرد ندارد و معمولاً برای قارچ‌های سطحی و شایع پوست نیز انتخاب اول نیست.