توبرامایسین از جنتامایسین بر روی پسودوموناس آئروژینوزا کمی موثرتر است. توبرامایسین در سپتی سمی وسپسیس نوزادان، مننژیت و سایر عفونت های CNS ، عفونت مجاری صفراوی، پیلونفریت حاد یا التهاب عفونی حاد پروستات مصرف می شود.